TAE 是使用最广泛的缓冲液。其特点是超螺旋在其中电泳时更符合实际相对分子质量，且双链线状 DNA 在其中的迁移率较其他两种缓冲液快约 10%，电泳大于13kb 的片段时用TAE缓冲液将取得更好的分离效果。另外，1×TAE缓冲液电泳时，电流比较大，不宜使用较高的电压，否则凝胶发热比较严重，会导致DNA条带变形。
TBE 的缓冲能力强，长时间电泳时可选用 TBE，并且当用于电泳小于 1kb 的片段时分离效果更好。而使 DNA 片段的回收率降低，所以不宜在回收电泳中使用。0.5×TBE电泳时电流较小，相比1×TAE缓冲液可以使用较高的电压，以加快电泳速度，节约实验时间。
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